Super Paper Mario para Wii é um jogo de plataforma com elementos de RPG, que mistura os estilos 2D e 3D. O jogador controla Mario, que pode alternar entre as perspectivas 2D e 3D para resolver quebra-cabeças e avançar na história. O jogo conta com oito mundos principais e um mundo secreto, além de personagens como Luigi, Princesa Peach e Bowser, que podem ser controlados em certos momentos.